L'église appartenait au prieuré St-Fulgent fondé au XIIème par les bénédictins de l'abbaye de St-Savin, sur un coteau dominant l'Ozon. Une église paroissiale dédiée à St Pierre était alors située dans le bas du village de Monthoiron. Au XVIème siècle, durant les guerres de religion. Monthoiron souffre du passage des troupes armées. Les édifices culturels sont pillés et incendiés : l'église St-Pierre est complètement détruite, le prieuré St-Fulgent abandonné, la nef de son église ruinée et les voûtes effondrées. La paix revenue, l'ancienne église priorale, désormais tronquée de sa nef est choisie pour devenir paroissiale, sous le vocable de St Ambroise. Le chœur fait désormais office de nef.
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